É raro ser mostrado algum sangue ou amputação.
O fundo da conversa entre Minato e Naruto é uma espécie de aurora.
Os ossos do Susano’o de Sasuke são brancos.
Fukasaku e Shima não estão presentes na luta entre Jiraiya e Pain.
Em vez de Gaara proteger Sasuke do ataque de A, protege A do Amaterasu de Sasuke e batalha com este um contra um.
A cena da morte de Zabuza é alterada, no jogo, ele não é abatido com várias espadas dos homens de Gatou.
A cor do chakra da aura do Quarto Raikage é azul (cor do chakra).
Durante o teste do sino, Kakashi usa o Chidori contra Minato e a primeira vez que ele o uso é durante a 3ª Guerra Mundial Shinobi.
A conversa entre Minato e Naruto é extendida.
O chakra da Nove Caudas tenta com que Naruto a liberte na luta contra Pain, em vez de controlar diretamente Naruto.
Tal como no jogo anterior, Jiraiya usa o seu último chakra em um Odama Rasengan para destruir o Caminho Animal.
O fundo da conversa entre Minato e Naruto é uma espécie de aurora.
Os ossos do Susano’o de Sasuke são brancos.
Fukasaku e Shima não estão presentes na luta entre Jiraiya e Pain.
Em vez de Gaara proteger Sasuke do ataque de A, protege A do Amaterasu de Sasuke e batalha com este um contra um.
A cena da morte de Zabuza é alterada, no jogo, ele não é abatido com várias espadas dos homens de Gatou.
A cor do chakra da aura do Quarto Raikage é azul (cor do chakra).
Durante o teste do sino, Kakashi usa o Chidori contra Minato e a primeira vez que ele o uso é durante a 3ª Guerra Mundial Shinobi.
A conversa entre Minato e Naruto é extendida.
O chakra da Nove Caudas tenta com que Naruto a liberte na luta contra Pain, em vez de controlar diretamente Naruto.
Tal como no jogo anterior, Jiraiya usa o seu último chakra em um Odama Rasengan para destruir o Caminho Animal.
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